第二个部门就是根。

又称“暗部培训部门”，是指所谓的暗部特别机动部队，直接隶属于木叶元老志村团藏的独立组织，即不受火影的管制，也不受暗部所管辖，制服是白色或黑色披风。

不过因为志村团藏已死，这个部门就交给大蛇丸管理了。

第三个是行政部，辅助火影管理木叶政务的机构，其最高长官是作为原三代火影顾问的水户门炎和转寝小春两位老师，他们的地位相当于村中的长老，行政部的存在也是木叶的立法形式之一。

一来是为了辅助火影工作给于一些正确性的意见，二来是作为火之国与木叶的桥梁，传达国家的信息，及接受国家所拨给村子的财政支出，同时也向大名反应村子的一些状况和形势。

马克担任副部长，部长是火之国大名贝塔派来的一名特别上忍。

第四个是医疗部。

木叶原本的医疗部并不发达，但由于三忍之一的纲手提出的四人战斗小队中配一名医疗忍者的历史性方案使的木叶的医疗部有了突飞猛进的发展，时至今日已经可以分成急救医疗班，尸体处理班，驯兽疗养班等多个分支系统。

医疗急救班——主要负责医治因任务或事故而受重伤的忍者的单位，其成员都是擅长医疗忍术的精英，执行任务时都穿着白色的专用医疗服。

尸体处理班——专门负责处理死亡尸体的单位，由于忍者的身体会透露出每个忍者村特有忍术的秘密和查克拉性质，还有用过特殊药品成分的痕迹，所以为了保护这些情报必须有专业人员来负责工作，尸体处理班不但清理村子内出现的尸体而且还定期向暗部输送优秀人才，以帮助处理一些本村逃忍的尸体。

训兽疗养班——主要工作就是医治一些受伤的驯兽和宠物的单位，成员大多都是兽医，由于驯兽大多都是和主人一起执行任务的受伤也是在所难免，所以训兽疗养班的存在也是非常必要的。

医疗部的部长毫不例外的交给了纲手大人来管理。

第五个是教育部。

为了保障意志的传承，第二代火影扉间建立了木叶忍者学校，意图培养木叶内的人才，培养更多忍者。

这里有一点要说明一下，之前其实并非是必须在忍者学校学习才能担任忍者，只要你能通过下忍考试你便可以成为忍者，也就是说你自己自学成才之后也不需要在忍者学校毕业，只要在每年考试的时候通过考核也同样可以成为忍者的。

也正是因为这一点其实有很多一开始没想要当忍者的人因为战争缘故稍微进行了一些修炼然后通过忍者考核便登上了战场。

这也算是一种变相征兵吧，不过现在这条规则被马克更改了，他要所有人都进行系统的学习以确保忍者的质量。

否则在中忍之下基本上战力都是极不平均的，有些人只是勉强通过了考核然后便一直接一些D级和C级任务打发人生，这种事情马克是瞧不上眼的。

教育部现在的部长是自来也，而马克则担任教育部顾问。